情けいない解決

その後Twitterで、とある方から連絡をいただいて、ACPI有効で起動するとのこと。結果的に、5.99.56の頃に適用していた、 src/sys/arch/x86/x86/mpacpi.c へのパッチが逆効果となっていたようです。要は、やっつけではなく正しい修正が行われていたということです。

さらに、マルチプロセッサーを無効にしなくても、ちゃんと動きました!  (さくらのVPS側が何か変わった可能性もないとは言えませんが。)